Спочатку вони були задумані як частина алхімії або прото-науки (донаука), яка пізніше перетворилася на хімію. До 18 століття вищезгадані символи використовувалися для позначення певних елементів та з'єднань. Символи дещо відрізнялися в маркуванні алхіміків, тому ті, які ми знаємо дотепер, є результатом стандартизації цих знаків.
Згідно з Парацельсом, ці знаки відомі як Перші три:
сіль - позначає основу речовини - відзначена у вигляді кола з чітко позначеним діаметром по горизонталі,
ртуть, що означає рідкий зв'язок між високим і низьким рівнем, є коло з півколом вгорі і хрестиком внизу,
сірка - дух життя - трикутник, з'єднаний хрестом.
Далі йдуть символи елементів землі, все у формі трикутників:
Метали, позначені символами планет та небесних тіл:
Алхімічні символи також включають:
Уроборос - змія, що поїдає власний хвіст; в алхімії він символізує метаболічний процес, що постійно оновлюється; це двійник філософського каменю.
Гептаграма означає сім планет, відомих алхімікам в давнину; їх символи показані вище.